Essa escala significa que a cada 12 horas de trabalho contínuo, o empregado poderá descansar um dia e meio (12X36). Para incluir essa jornada no sistema, vá ao menu Arquivo » Folha » Tabelas » Horários, informe o Tipo Jornada 2 (Jornada 12 x 36) e então insira o horário nos dias da semana que o empregado irá trabalhar e o dia da semana do seu descanso, deixe em branco. E no campo DESCANSO informe "Escala 12X36".

E no mês subsequente, esse funcionário que trabalhou no domingo no mês 08, dependendo do dia não vai trabalhar mais no domingo no mês 09. Como tratar isto no sistema?

O sistema não faz automático esta mudança. Para tanto, deve-se fazer o seguinte, configure exatamente como foi instruído acima. Mas, no campo descrição deixe apenas os horários, exclua as informações dos dias de semana, deixando apenas os horários.
Esta informação do horário não influência exatamente nada nos cálculos, apenas é uma informação que precisa constar no contrato.