Acesse o cadastro do estabelecimento e entre na guia tributação da folha. No campo SEST/SENAT, precisa preencher o percentual. Como visto na figura abaixo:

Depois disso, precisa acessar o contrato do Autônomo, na guia 2 - dados gerenciais, selecionar a opção frete no Tipo Serviço.

Os 20% que seria informado no recibo dele no campo INSS, com a informação do tipo de serviço como frete, o sistema saberá proceder com o cálculo automaticamente.