Pode acontecer do direito das férias e do 13° ser diferente, como: 1/2 avos de 13º Salário e 2/12 avos de férias. Nesta situação, o funcionário teve faltas, no décimo considerou as faltas e nas férias não. Isso ocorre quando as faltas são lançadas manualmente no recibo. 

O correto é lançar pela planilha de eventos, excluir o período aquisitivo do funcionário no lançamento da rescisão e sugerir novamente, em seguida gerar novamente  a rescisão.