Conforme o manual do eSocial:

Os declarantes que, por liberalidade ou por força de convenção ou acordo coletivo, realizam o pagamento do 13º salário de forma integral, antes do mês de dezembro devem observar as seguintes orientações:

a) De acordo com a legislação vigente, o valor do 13º salário deve ser calculado com base no salário devido em dezembro e ser pago em duas parcelas: a primeira entre os meses de fevereiro a novembro e a segunda em dezembro, até o dia 20. 

b) O desconto da contribuição previdenciária deve ocorrer no pagamento da segunda parcela do 13º salário e o seu recolhimento deve ser feito na competência anual, cujo vencimento é o dia 20 de dezembro.

Todavia, na prática, é muito comum o pagamento do 13º integral antes do mês de dezembro. Conceitualmente, contudo, o que ocorre nesses casos não é o pagamento integral e sim um adiantamento superior ao valor devido e, assim, deve ser declarado na folha do mês em que esse pagamento ocorre.

O declarante que antecipar o pagamento integral do 13º salário até o mês de novembro deve pagar o correspondente ao líquido devido, ou seja, valor obtido após a dedução da contribuição previdenciária e, quando for o caso, da retenção do imposto de renda. Dessa forma, na folha do 13º salário, em dezembro, ao descontar o valor adiantado em mês anterior, o valor líquido restaria zerado. Mas ressalte-se que esse pagamento anterior a dezembro deve ocorrer na rubrica correspondente a adiantamento. 

No eSocial, o declarante deve informar o adiantamento (correspondente ao valor líquido) no evento S-1200 referente à remuneração da competência em que esse adiantamento foi incluído e, em dezembro, deve enviar o evento S-1200 referente à competência anual com o valor do 13º salário devido e o valor dos descontos do adiantamento, de contribuição previdenciária e de retenção de imposto de renda.

Ressalte-se que, no que se refere ao FGTS, quando devido, a incidência ocorre na competência em que a primeira parcela do 13º salário for adiantada. Em dezembro, na folha anual, haverá a incidência sobre a eventual diferença entre o valor total do 13º salário e o seu adiantamento.

Saliente-se que, na competência em que o valor do adiantamento for declarado, há a incidência do FGTS (nesse caso calculado sobre o valor do adiantamento) e na folha anual há a incidência da contribuição previdenciária e do imposto de renda, calculados sobre o valor total e, ainda, a do FGTS, calculado sobre a diferença entre o valor total e o do adiantamento. 

Por exemplo, o valor do 13º salário de um empregado é R$ 1.045,00. O desconto correspondente à contribuição previdenciária é de R$ 78,37. Se o empregador vai pagar o valor integral do 13º na competência novembro de 2020, deve incluir no S-1200 da competência 11/2020 a rubrica de “Adiantamento 13º salário” (Natureza 5504) no valor de R$ 966,63. 

No período de apuração anual, no mês de dezembro, o declarante deve lançar como vencimento o valor total do 13º devido (R$ 1.045,00), em rubrica com natureza 5001, e como descontos: o valor do adiantamento do 13º pago em novembro (R$ 966,63) e o valor da contribuição previdenciária (R$ 78,37). A folha anual, portanto, ficaria com valor líquido zerado, considerando-se que não houve dedução de imposto de renda na fonte. 

No exemplo acima, a base de cálculo do FGTS incidente sobre o 13º salário na competência 11/2020 seria de R$ 966,63 e o valor na competência anual seria de R$ 78,37.

Caso o declarante prefira recolher o FGTS integralmente no mês em que o 13º salário foi adiantado, deve lançar o valor total (bruto) como rubrica de adiantamento de 13º com incidência do FGTS e o desconto da provisão de contribuição previdenciária com o código de incidência [00]. Registre-se que, caso o empregado tenha um aumento salarial no mês de dezembro, o cálculo do 13º salário deve ser refeito considerando esse valor, o que implica diferença a pagar ao empregado. O mesmo vale para os trabalhadores que recebem remuneração variável, quando incide a hipótese do art. 77 do Decreto nº 10.854, de 2021, caso em que os dados devem ser declarados na competência em que for devido o pagamento.